На главную страницу первого семестра

Описание пространственной структуры ИЗОЦИТРАТДЕГИДРОГЕНАЗА по данным банка PDB, код 1ai2

  • Полное название белка: ISOCITRATE DEHYDROGENASE, NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-2 DINUCLEOTIDE PHOSPHATE, ISOCITRATE CALCIUM COMPLEX.
  • В состав белка IDH_ECOLI входят: 2 идентичных цепи, каждая из которых содержит: 16 β-тяжей и 13 α-спиралей, две гетерогруппы: NAP (формула C21H28O17N7P3) и ICA (формула C6H7O7Ca) и 304 молекулы воды (формула H2O).
    На данном рисунке изображена 3D-структура белка IDH_Ecoli в проволочной модели, крупнее я показала наличие лиганда. 
    load H:\Term1\PracticeWorks\Work\1ai2.pdb

    script H:\Term1\PracticeWorks\Work\1ai2.def

    background white

    select protein

    wireframe off

    backbone 30

    select ica

    wireframe 150

    select cont_B_M

    wireframe 60

    select nap2

    wireframe off

    pause

    restrict cont_B_M, ica

    zoom 300

    pause

    select ica and *.ca

    cpk 300

    select asp311:*.od2

    cpk 300

    select ica1.o3, asn115.nd2

    cpk 150

    bond 865, 3254 +

    select ica1.o1, arg119.nh

    cpk 150

    bond 896, 3247 +

    select ica1.o2, arg129.nh

    cpk 150

    bond 983, 3248 +

    rotate y 55
         		Здесь изображён script, демонстрирующий взаимодействие белка IDH_Ecoli и ISOCITRATE (лиганда).
    © Волкова Екатерина,2004